B настоящее время на факультете работает 21 кафедра:
- Теории управления
- Механики управляемого движения
- Вычислительных методов механики деформируемого тела
- Математической теории игр и статистических решений
- Высшей математики
- Математического моделирования энергетических систем
- Информационных систем
- Управления медико-биологическими системами
- Моделирования экономических систем
- Математической теории моделирования систем управления
- Математической теории микропроцессорных систем управления
- Теории систем управления электрофизической аппаратурой
- Технологии программирования
- Моделирования социально-экономических систем
- Диагностики функциональных систем
- Моделирования электромеханических и компьютерных систем
- Математической теории экономических решений
- Фундаментальной информатики и распределенных систем
- Компьютерных технологий и систем
- Компьютерного моделирования и многопроцессорных систем
- Информационных и ядерных технологий